海基会前任董事长、曾任桃园市市长的郑文灿，近期因涉嫌在其市长任期内的贪腐案件被检察官申请羁押并争取交保。桃园地方法院第二次裁决准予以1200万新台币交保，但检察官提出抗告，预计在7月11日第三次召开羁押庭进行审议。对此，前民意代表蔡正元表示，若非郑文灿所属民进党的背景，他很可能早已被羁押。他认为，检方选择处理此案显得颇为蹊跷，因为案件中存在诸多争议点，包括是否有勾串证人的风险、行为是否构成贪污等，这些都留给了法官较大的自由裁量空间。蔡正元指出，未实施羁押和搜查的决定，实际上为将来可能的无罪判决预留了余地。

此前，蔡正元曾预言郑文灿不会被羁押。他在10日的一档政论节目中重申，鉴于当前情况，即便检方持续抗告至高等法院，最终仍可能被发回桃园地方法院重审。他举例说，近期发生的卡车冲撞当局办公地点案件，经历了多次往返审理，显示出在此类案件中法官的判断具有极大的灵活性。

针对郑文灿案，蔡正元分析道，虽然郑被指控犯有七年以上重罪且具备逃逸能力，但考虑到他已离职一年半，对于市政府公务员的影响力有限，因此在是否能勾串证人的问题上，存在认知分歧。检方坚持认为，郑文灿在桃园长期经营，与当地公务员可能存在紧密联系，但法官掌握着最终的裁量权。蔡正元直接表示，如果不是因为郑文灿的政党身份，他可能早已面临羁押的处境。

关于案件中的500万新台币是否构成贪污，也存在争议。尽管检方认为郑文灿通过改变土地用途使人获利数十亿，仅收取500万作为回报，但此类土地用途变更本身是合法行为，且此数额相对较小，这要么意味着还有更多未查明的大额款项，要么是确实没有其他不当收入。蔡正元推测，检方此举可能是为了向上级有所交代，因为郑文灿还涉及其他更为复杂的案件，目前处于暂停调查状态。他觉得检方处理此案的方式显得异常，充满疑问的案件很容易在法官的审查下暴露出问题，而未执行羁押和搜查的决定，似乎预示着未来可能的无罪宣判。